(Information for students in Russian)

Информация для студентов, планирующих работу в лаборатории

Биология становится все более “точной” наукой, в решении биологических задач все большее значение приобретают компьютерные, физические, математические и инженерные науки. Биологические системы являются одинми из самых сложных систем, поэтому для их изучения, модификации и создания требуется ученые и инженеры, которые умеют работать с системами высокой сложности и в то же время понимают биологическую специфику задач. Самые сложные системы, созданные на сегодняшний день человеком - это компьютерные/электронные системы. Создание систем такой сложности стало возможным не столько благодаря фундаментальным открытиями, сколько благодаря реализации инжереных подходов к исследованию и разработке систем, основанных на широком внедрении компьютерных технологий, технологий автоматизации, раздлении труда и другим инженерным принципам.

Важная образовательная задача группы интегративной биологии - активно способствовать развитию у студентов инженерно-физических навыков в решении биологических задач.

Более подробно о нашем видении развития инженерной биологии можно почитать в матералах на сайте http://synbio.ru

Основные направления работы на данный момент

  • Строение и динамика нуклеосом и комплексов нуклеосом с белками хроматина.
  • Супрануклеосомная структура хроматина.
  • Биоинформатический анализ последовательностей и структур белков хроматина и их вариаций при различных заболеваниях.
  • Создание биологических баз данных.
  • Изучение специфичности и эффектвности редактирования геномов с помощью CRISPR/Cas систем.
  • Создание биосенсоров на основе CRISPR/Cas систем.
  • Развитие методов синтетической биологии, создание генетических сетей.

Методы исследований

Вычислительные
  • Метод атомистической молекулярной динамики.
  • Методы огрубленного и интегративного моделирования.
  • Методы макромолекулярного докинга, дизайн связывающих пептидов.
  • Методы структурной биоинформатики, анализ PDB
  • Методы биоинформатики: работа с биологическими базами данных
  • Методы биоинформатики: работа с NGS-данными
  • Методы биоинформатики: разработка баз данных с веб-интерфейсом
  • Методы обработки данных и интерпретации FRET-экспериментов
Экспериментальные
  • Программирование микроконтроллеров, 3Д-печать.
  • Молекулярное клонирование, сборка генетических конструкций, экспрессия и очистка белков.
  • Методы анализа констант связывания макромолекул на основе взаимодействия флюоресцентных меток.

Возможные перспективные направления работы

  • Компьютерный дизайн искуственных белков и пептидов.
  • Разработка белков в облаке ( см. https://sudonull.com/post/28691-Development-of-proteins-in-the-cloud-using-Python-and-Transcriptic-or-How-to-create-any-protein-for- )

Организациия учебного процесса и научной работы студентов

см. https://github.com/intbio/soph_labs/