bioinf2018-2019

http://intbio.org/bioinf2018-2019

Веб-сайт курса биоинформатики для 2 курса Биофака в 2018/2019 учебном году

Программа курса

• Предварительная программа курса
• Список вопросов к зачёту в весеннем семестре
• Список предварительных оценок за курс (обновлено 19 апр.)
• Расписание встреч для получения оценки или сдачи зачёта

Лекторы

• д.б.н. профессор Коротков Евгений Вадимович
• к.ф.-м.н. Армеев Григорий Алексеевич
• к.б.н. Герасимов Евгений Сергеевич
• к.ф.-м.н. Новоселецкий Валерий Николаевич
• к.ф.-м.н. Шайтан Алексей Константинович

Связь с преподавателями

По email: bioinf2018@googlegroups.com

Учет успеваемости и отчетность

• Итоговая аттестация по курсу: зачет с оценкой

Рекомендованная литература

• Артур Леск. Введение в биоинформатику
• Стефанов В.Е., Тулуб А.А., Мавропуло-Столяренко Г.Р. Биоинформатика
• Лукашов В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ
• Дурбин Р., Эдди Ш., Крог А., Митчисон Г., Анализ биологических последовательностей
• Финкельштейн А.В., Птицын О.Б. Физика белка
• Ханс-Дитер Хёльтье (ред.). Молекулярное моделирование. Теория и практика
• Даниэль Джон Ригден (ред.) Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики

Осенний семестр

Вводный опросник (должен быть выполнен к 12 октября)

https://goo.gl/forms/wSapFPMewXZRl78q2

Запись на семинар (осенний семестр)

https://goo.gl/forms/NyuhbhUzLqd4qRBO2

Список записавшихся на семинар

Домашние работы

• ДР1 по лекциям 2-4 - открыта до 9-00 25 октября
• ДР2 по лекциям NGS, сборка, картирование - до 18 декабря

Материалы лекций (2018/19 уч. год, осенний семестр)

• Лекция №1
• Лекция №2-3
• Лекция №4
• Лекция №5
• Лекция №6
• Лекция №7
• Лекция №8
• Лекция №9 - NGS
• Лекция №10 - Сборка
• Лекция №11 - Картирование
• Лекция №12

Весенний семестр

Материалы лекций (2018/19 уч. год, весенний семестр)

• Лекция №13/1
• Лекция №14/2
• Лекция №15/3
• Лекция №16/4
• Лекция №17/5
• Лекция №18/6
• Лекция №19/7
• Лекция №20/8
• Лекция №21/9
• Лекция №22/10

Материалы семинаров (2018/19 уч. год, осенний семестр)

Семинар №1.

Вводное обсуждение. Основы компьютерной грамотности. Основы Linux. Материалы крэш-курса по ИТ для биологов здесь.

Семинар №2.

Практическая работа с базами данных. PubMed, GenBank, UniProt, PDB.

Семинар №3.

Выравнивание последовательностей, динамическое программирование.

Задача поиска наибольшей общей подпоследовательности https://ru.wikipedia.org/wiki/Diff https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/help/patches/

https://www.youtube.com/watch?v=8aJbIh5kKOM

https://gtuckerkellogg.github.io/pairwise/demo/ http://intbio.org/nwunsch/

Устанавливаем программы

conda install -c biobuilds emboss
conda install -c bioconda entrez-direct

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/

esearch -db protein -query "myoglobin [PROT] AND human[ORGN] AND refseq[filter]" | efetch -format fasta

http://bioinformatics.cvr.ac.uk/blog/ncbi-entrez-direct-unix-e-utilities/

Семинар №4.

https://www.hgvs.org/mutnomen/standards.html#aacode

https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman–Wunsch_algorithm https://www.youtube.com/watch?v=MXOzxSHOBso

https://en.wikipedia.org/wiki/Smith–Waterman_algorithm

https://gtuckerkellogg.github.io/pairwise/demo/

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

https://en.wikipedia.org/wiki/Clustal

https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/

Семинар №7. HMM

• https://embnet.vital-it.ch/CoursEMBnet/Pages04/slides/PSSM_HMMM.pdf
• PSI BLAST https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK2590/
• HMMER http://hmmer.org http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf
• pfam cdd

Семинар №8. NGS1

• https://www.dropbox.com/s/tn6ltwbx6z2pjxt#/Lecture_1_1_Introduction_to_NGS_1.pptx?dl=0
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
• https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format
• https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html
• http://mattshirley.com/uploads/2013/07/Galaxy-for-NGS-Analysis-07-09-13.pdf
• https://usegalaxy.org
• https://www.dropbox.com/s/eay9sf12pzzetj0/gen.fastq?dl=0
• https://en.wikipedia.org/wiki/Phred_quality_score
• https://www.ascii-code.com
• https://galaxyproject.org/tutorials/ngs/

Семинар №9. NGS2

• https://www.dropbox.com/s/tn6ltwbx6z2pjxt#/Lecture_1_1_Introduction_to_NGS_1.pptx?dl=0
• http://bioinformatics.org.au/wp-content/uploads/ws13/sites/3/FullPresentations/Matthew-Tinning_2013-Winter-School-presentation.pdf
• https://www.pacb.com/smrt-science/smrt-sequencing/
• https://genohub.com/ngs-instrument-guide/
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
• https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format
• https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html
• http://mattshirley.com/uploads/2013/07/Galaxy-for-NGS-Analysis-07-09-13.pdf
• https://usegalaxy.org
• https://www.dropbox.com/s/eay9sf12pzzetj0/gen.fastq?dl=0
• https://en.wikipedia.org/wiki/Phred_quality_score
• https://www.ascii-code.com
• https://galaxyproject.org/tutorials/ngs/