Вопросы к зачёту: 1. Уровни структурной организации белков. Типы вторичной структуры. 2. Способы задания поворота в пространстве. Преимущества и недостатки. 3. Три варианта постановки задачи структурного выравнивания. Меры структурного сходства. 4. Классификация структуры белков. Структурная геномика. 5. Принципы рентгеноструктурного анализа. Разрешение. 6. Внутренние координаты белков и нуклеиновых кислот. Карты Рамачандрана. 7. Предсказание вторичной структуры белков. Принцип работы простейших нейронных сетей. 8. Гидрофобность и её использование для предсказания топологии белков. 9. Принципы моделирования по гомологии. 10. Распознавание фолда. Протягивание. Неупорядоченные белки. 11. Молекулярное моделирование как вид вычислительного эксперимента. 12. Моделирование молекулярной динамики: алгоритмы и применение. 13. Повторности в биологическом эксперименте. 14. Понятие случайной величины. Какое распределение имеет число ридов на ген, как случайная величина? 15. Нормализация. Какие виды нормализации применяются при анализе экспрессии генов и почему они нужны? 16. Какие параметры распределения сравнивают, чтобы узнать, изменилась ли экспрессия гена в заданном образце? 17. Если на ген А в образце 1 приходится 100 ридов, а в образце 2 - 200 ридов, значит ли это, что ген изменил экспрессию? Почему? 18. Диаграмма "vulcano plot": построение и чтение. 19. Недостатки существующих методов множественного выравнивания. Трудности построения множественного выравнивания методом динамического программирования. 20. Методы для поиска периодичности в символьных последовательностях. 21. Позиционно-весовые матрицы и как их использование для построения множественного выравнивания. 22. Филогенетический профиль гена. Отличие генов-ортологов от генов-паралогов. Использовать филогенетического профиля гена для его аннотирования. 23. Точки разладки в генах и процессы, их создающие. 24. Сдвиг фазы триплетной периодичности гена. Как можно найти в гене потенциальный сдвиг рамки считывания? 25. Линейные нотации (SMILES) и матрицы смежности. 26. Количественные соотношения между структурой и свойствами. Методы проверки предсказывающих функций. 27. Меры сходства молекул. Молекулярные дескрипторы. Битовые строки. Коэффициент Танимото. 28. Виды виртуального скрининга. Понятие фармакофора. 29. Виды молекулярных поверхностей и их особенности. 30. Алгоритмы молекулярного докинга.