bioinf2021-2022

To GitHub

http://intbio.org/bioinf2021-2022

Веб-сайт курса биоинформатики для 2 курса Биофака в 2021/2022 учебном году

Программа курса

Лекторы

Связь с преподавателями

По email: bioinf2018@googlegroups.com, valery.novoseletsky@yandex.ru

Учет успеваемости и отчетность

Для выполнения самостоятельных работ нужно зарегистрироваться на сайте Центра развития электронных образовательных ресурсов distant.msu.ru:

  1. Завести себе адрес электронной почты
  2. Зарегистрироваться один раз под своим реальным именем (ФИО, не ИОФ, и полностью, ибо бывают тезки-однофамильцы), записанным кириллицей. Несоответствующие этим условиям пользователи будут удалены.
  3. Выбрать нужный курс: Список курсов -> Курсы факультетов МГУ -> Биологический факультет -> Биоинформатика. Способ записи: 2021. Кодовое слово: номер Вашей группы (201 и т.д.).

Требования для получения зачёта

  1. Все самостоятельные работы должны быть выполнены самостоятельно на оценку, не меньшую 3/5 от максимального балла по обязательным заданиям.
  2. Возможны дополнительные задания для студентов, не удовлетворяющих критерию 1.

Рекомендованная литература

Осенний семестр 2021/22

Лекции

Самостоятельные работы

Итоги (21.12.21)

Самостоятельные работы (второй заход: с 18-00 21 декабря по 09-00 27 декабря)

Итоги (28.12.21)

Окончательные итоги (30.12.21)

Весенний семестр 2021/22

Материалы лекций

Самостоятельные работы

Предварительные итоги (21.04.22)

Самостоятельные работы (второй заход: с 23-00 21 апреля по 09-00 25 апреля)

Итоги (27.04.22)

Итоги (29.04.22)

Материалы прошлых лет

Дополнительные занятия (весенний семестр 19/20 уч. года)

Семинары (осенний семестр 18/19 уч. года)

Семинар №1.

Вводное обсуждение. Основы компьютерной грамотности. Основы Linux. Материалы крэш-курса по ИТ для биологов здесь.

Семинар №2.

Практическая работа с базами данных. PubMed, GenBank, UniProt, PDB.

Семинар №3.

Выравнивание последовательностей, динамическое программирование.

Задача поиска наибольшей общей подпоследовательности https://ru.wikipedia.org/wiki/Diff https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/help/patches/

https://www.youtube.com/watch?v=8aJbIh5kKOM

https://gtuckerkellogg.github.io/pairwise/demo/ http://intbio.org/nwunsch/

Устанавливаем программы

conda install -c biobuilds emboss
conda install -c bioconda entrez-direct

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/

esearch -db protein -query "myoglobin [PROT] AND human[ORGN] AND refseq[filter]" | efetch -format fasta

http://bioinformatics.cvr.ac.uk/blog/ncbi-entrez-direct-unix-e-utilities/

Семинар №4.

https://www.hgvs.org/mutnomen/standards.html#aacode https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman–Wunsch_algorithm https://www.youtube.com/watch?v=MXOzxSHOBso https://en.wikipedia.org/wiki/Smith–Waterman_algorithm https://gtuckerkellogg.github.io/pairwise/demo/ https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi https://en.wikipedia.org/wiki/Clustal https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/

Семинар №7. HMM

Семинар №8. NGS1

Семинар №9. NGS2