bioinf2020-2021

To GitHub

http://intbio.org/bioinf2020-2021

Веб-сайт курса биоинформатики для 2 курса Биофака в 2020/2021 учебном году

Программа курса

Лекторы

Связь с преподавателями

По email: bioinf2018@googlegroups.com, valery.novoseletsky@yandex.ru

Учет успеваемости и отчетность

Для выполнения самостоятельных работ нужно зарегистрироваться на сайте Центра развития электронных образовательных ресурсов distant.msu.ru:

  1. Завести себе адрес электронной почты
  2. Зарегистрироваться один раз под своим реальным именем (ФИО, не ИОФ, и полностью, ибо бывают тезки-однофамильцы), записанным кириллицей. Несоответствующие этим условиям пользователи будут удалены.
  3. Выбрать нужный курс: Список курсов -> Курсы факультетов МГУ -> Биологический факультет -> Биоинформатика. Способ записи: 2020. Кодовое слово: номер Вашей группы (201 и т.д.).

Требования для получения зачёта

  1. Все самостоятельные работы должны быть выполнены самостоятельно на оценку, не меньшую 3/5 от максимального балла по обязательным заданиям.
  2. Возможны дополнительные задания для студентов, не удовлетворяющих критерию 1.

Рекомендованная литература

Осенний семестр 2020/21

Лекции

Самостоятельные работы

Материалы 19/20 уч. года

Осенний семестр - лекции

Осенний семестр - Самостоятельные работы

Требования для получения зачёта

Осенний семестр - итоги (23.12.19)

Осенний семестр - итоги (26.12.19)

Весенний семестр

Материалы лекций

Самостоятельные работы

Дополнительные занятия

Весенний семестр - итоги (25.04.20)

Весенний семестр - итоги (21.04.20)

Материалы семинаров (2018/19 уч. год, осенний семестр)

Семинар №1.

Вводное обсуждение. Основы компьютерной грамотности. Основы Linux. Материалы крэш-курса по ИТ для биологов здесь.

Семинар №2.

Практическая работа с базами данных. PubMed, GenBank, UniProt, PDB.

Семинар №3.

Выравнивание последовательностей, динамическое программирование.

Задача поиска наибольшей общей подпоследовательности https://ru.wikipedia.org/wiki/Diff https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/help/patches/

https://www.youtube.com/watch?v=8aJbIh5kKOM

https://gtuckerkellogg.github.io/pairwise/demo/ http://intbio.org/nwunsch/

Устанавливаем программы

conda install -c biobuilds emboss
conda install -c bioconda entrez-direct

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/

esearch -db protein -query "myoglobin [PROT] AND human[ORGN] AND refseq[filter]" | efetch -format fasta

http://bioinformatics.cvr.ac.uk/blog/ncbi-entrez-direct-unix-e-utilities/

Семинар №4.

https://www.hgvs.org/mutnomen/standards.html#aacode

https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman–Wunsch_algorithm https://www.youtube.com/watch?v=MXOzxSHOBso

https://en.wikipedia.org/wiki/Smith–Waterman_algorithm

https://gtuckerkellogg.github.io/pairwise/demo/

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

https://en.wikipedia.org/wiki/Clustal

https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/

Семинар №7. HMM

Семинар №8. NGS1

Семинар №9. NGS2