
Веб-сайт курса биоинформатики для 2 курса Биофака в 2020/2021 учебном году
Программа курса
Лекторы
Связь с преподавателями
По email: bioinf2018@googlegroups.com,
valery.novoseletsky@yandex.ru
Учет успеваемости и отчетность
- Осенний семестр: самостоятельные работы, зачёт
- Весенний семестр: самостоятельные работы, зачёт
Для выполнения самостоятельных работ нужно зарегистрироваться на сайте Центра развития электронных образовательных ресурсов distant.msu.ru:
- Завести себе адрес электронной почты
- Зарегистрироваться один раз под своим реальным именем (ФИО, не ИОФ, и полностью, ибо бывают тезки-однофамильцы), записанным кириллицей. Несоответствующие этим условиям пользователи будут удалены.
- Выбрать нужный курс: Список курсов -> Курсы факультетов МГУ -> Биологический факультет -> Биоинформатика. Способ записи: 2020. Кодовое слово: номер Вашей группы (201 и т.д.).
Требования для получения зачёта
- Все самостоятельные работы должны быть выполнены самостоятельно на оценку, не меньшую 3/5 от максимального балла по обязательным заданиям.
- Возможны дополнительные задания для студентов, не удовлетворяющих критерию 1.
Рекомендованная литература
- Леск Артур. Введение в биоинформатику.
- Стефанов В.Е., Тулуб А.А., Мавропуло-Столяренко Г.Р. Биоинформатика.
- Неи М., Кумар С. Молекулярная эволюция и филогенетика
- Лукашов В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ.
- Дурбин Р., Эдди Ш., Крог А., Митчисон Г., Анализ биологических последовательностей.
- Финкельштейн А.В., Птицын О.Б. Физика белка.
- Ханс-Дитер Хёльтье (ред.). Молекулярное моделирование. Теория и практика.
- Даниэль Джон Ригден (ред.) Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики.
- Оре Ойстин. Графы и их применение.
- Pevzner, J. Bioinformatics and functional genomics, 3rd edition
- Compeau P., Pevzner P. Bioinformatics algorithms (free online)
- Степанов В.М. Молекулярная биология. Структура и функции белков
Весенний семестр 20/21
Материалы лекций
Самостоятельные работы
Осенний семестр 2020/21
Лекции
Самостоятельные работы
Итоги (14.12.20)
- 1. Студенты, выполнившие требования для получения зачёта (обновлено 23 декабря 2020)
- 2. Студенты, которым необходимо переделать или выполнить работу “Теория информации” на distant.msu.ru
- 3. Студенты, которым необходимо переделать или выполнить работу “Биологические базы данных” на distant.msu.ru
- 4. Студенты, которым необходимо переделать или выполнить работу “Теория графов” на distant.msu.ru
- 5. Студенты, которым необходимо переделать или выполнить работу “Теория Сравнение последовательностей” на distant.msu.ru
- 6. Студенты, которым необходимо переделать или выполнить работу “Значимость выравнивания, множественное выравнивание” на distant.msu.ru
- 7. Студенты, которым необходимо переделать или выполнить работу “Множественные выравнивания. Филогенетические деревья. Скрытые Марковские модели” на distant.msu.ru
- 8. Студенты, которые так и не выполнили одну или несколько работ на distant.msu.ru
- По вопросам пересмотра оценок можно обратиться к Новоселецкому В.Н. с указанием конкретной работы и задания, которые, по Вашему мнению, выполнены верно, но не засчитаны.
- 9. Cтуденты, которым не засчитана пара работ “Технологии NGS и Сборка” и “Картирование чтений и анализ экспрессии генов”(идентичные ответы не засчитывались всем, кто их дал)
- По вопросам пересмотра оценок можно обратиться к Герасимову Е.С. с указанием конкретной работы и задания, которые, по Вашему мнению, выполнены верно, но не засчитаны.
- 10. Студенты, которым необходимо будет выполнить итоговую онлайн-работу
- Формат этой работы ещё обсуждается. Скорее всего, нужно будет письменно ответить на ряд теоретических вопросов за очень ограниченное время:
- Примерный список вопросов
Итоги (26.12.20) - списки сильно изменились! Обязательно найдите себя!
Итоги (29.12.20) - проверьте!
Окончательные итоги (30.12.20)
Материалы 19/20 уч. года
Весенний семестр
Материалы лекций
Самостоятельные работы
Дополнительные занятия
- Для определения характера мероприятия и времени проведения просьба пройти коротенький опрос:
- Первая встреча состоялась 02.03.2020. Материалы тут.
- Вторая встреча состоялась 10.03 и была посвящена визуализации биоструктур. Начало в 18-30.
- Третья встреча состоялась 16.03 и была посвящена основам языка Python. Начало в 16-30.
Весенний семестр - итоги (25.04.20)
- По итогам выполненных самостоятельных работ составлены списки студентов, выполнивших требования для получения зачёта: на отлично, хорошо и удовлетворительно.
Если остались вопросы, пишите.
Весенний семестр - итоги (21.04.20)
Материалы семинаров (2018/19 уч. год, осенний семестр)
Семинар №1.
Вводное обсуждение. Основы компьютерной грамотности. Основы Linux.
Материалы крэш-курса по ИТ для биологов здесь.
Семинар №2.
Практическая работа с базами данных. PubMed, GenBank, UniProt, PDB.
Семинар №3.
Выравнивание последовательностей, динамическое программирование.
Задача поиска наибольшей общей подпоследовательности
https://ru.wikipedia.org/wiki/Diff
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/help/patches/
https://www.youtube.com/watch?v=8aJbIh5kKOM
https://gtuckerkellogg.github.io/pairwise/demo/
http://intbio.org/nwunsch/
Устанавливаем программы
conda install -c biobuilds emboss
conda install -c bioconda entrez-direct
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/
esearch -db protein -query "myoglobin [PROT] AND human[ORGN] AND refseq[filter]" | efetch -format fasta
http://bioinformatics.cvr.ac.uk/blog/ncbi-entrez-direct-unix-e-utilities/
Семинар №4.
https://www.hgvs.org/mutnomen/standards.html#aacode
https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman–Wunsch_algorithm
https://www.youtube.com/watch?v=MXOzxSHOBso
https://en.wikipedia.org/wiki/Smith–Waterman_algorithm
https://gtuckerkellogg.github.io/pairwise/demo/
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
https://en.wikipedia.org/wiki/Clustal
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/
Семинар №7. HMM
- https://embnet.vital-it.ch/CoursEMBnet/Pages04/slides/PSSM_HMMM.pdf
- PSI BLAST https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK2590/
- HMMER http://hmmer.org http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf
- pfam cdd
Семинар №8. NGS1
- https://www.dropbox.com/s/tn6ltwbx6z2pjxt#/Lecture_1_1_Introduction_to_NGS_1.pptx?dl=0
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
- https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format
- https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html
- http://mattshirley.com/uploads/2013/07/Galaxy-for-NGS-Analysis-07-09-13.pdf
- https://usegalaxy.org
- https://www.dropbox.com/s/eay9sf12pzzetj0/gen.fastq?dl=0
- https://en.wikipedia.org/wiki/Phred_quality_score
- https://www.ascii-code.com
- https://galaxyproject.org/tutorials/ngs/
Семинар №9. NGS2