grant_2023_RNFmoluch

Интерактивные материалы к отчету за 2025-2026 годы по проекту

“Мультимасштабное моделирование нуклеосомной структуры хроматина как ключ к пониманию работы геномов эукариот.”

Задача 1.4. Исследование влияния связывания ПТФ на супрануклеосомную структуру хроматина при помощи методов мультимасштабного моделирования.

• SOX2 +19 - траектория Монте-Карло огрубленной структуры с SOX2 в позиции +19.
• SOX2 +39 - траектория Монте-Карло огрубленной структуры с SOX2 в позиции +39.
• SOX2 +50 - траектория Монте-Карло огрубленной структуры с SOX2 в позиции +50.
• Без SOX2 - траектория Монте-Карло огрубленной структуры без SOX2.

Задача 2.2. Исследование процесса скольжения ДНК вдоль нуклеосомы с применением усовершенствованных методов и параметров моделирования.

• SHL +2, нижняя цепь, повторность 1 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с управляемым формированием торсионного дефекта (PDB ID 3LZ0)
• SHL +2, нижняя цепь, повторность 2 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с управляемым формированием торсионного дефекта (PDB ID 3LZ0)

• SHL +2, нижняя цепь, повторность 3 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с управляемым формированием торсионного дефекта (PDB ID 3LZ0)

• SHL +2, верхняя цепь, повторность 1 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с управляемым формированием торсионного дефекта (PDB ID 3LZ0)
• SHL +2, верхняя цепь, повторность 2 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с управляемым формированием торсионного дефекта (PDB ID 3LZ0)

• SHL +2, верхняя цепь, повторность 3 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с управляемым формированием торсионного дефекта (PDB ID 3LZ0)

• SHL -2 и +2, нижние цепи, повторность 1 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с управляемым формированием торсионного дефекта (PDB ID 3LZ0)
• SHL -2 и +2, нижние цепи, повторность 2 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с управляемым формированием торсионного дефекта (PDB ID 3LZ0)
• SHL -2 и +2, нижние цепи, повторность 3 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с управляемым формированием торсионного дефекта (PDB ID 3LZ0)

Задача 2.3. Исследование влияние длины линкерной области ДНК на конфигурацию нуклеосом.

• Нуклеосома, линкеры 30 п.н., повторность 1 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с линкерами ДНК 30 п.н. в симметричной конформации (PDB ID 3LZ0)
• Нуклеосома, линкеры 30 п.н., повторность 2 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с линкерами ДНК 30 п.н. в симметричной конформации (PDB ID 3LZ0)
• Нуклеосома, суперскрученная, повторность 1 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с линкерами ДНК 30 п.н. в суперскрученной стартовой конформации (PDB ID 3LZ0)
• Нуклеосома, суперскрученная, повторность 2 - траекторий молекулярной динамики нуклеосомы с линкерами ДНК 30 п.н. в суперскрученной стартовой конформации (PDB ID 3LZ0)

Задача 2.4. Исследование влияния ПТМ на супрануклеосомную структуру хроматина при помощи методов мультимасштабного моделирования.

• Без ПТМ - траектория Монте-Карло огрубленной структуры с гистоновыми хвостами без ПТМ, длина линкеров 13.
• H2B grouped ac - траектория Монте-Карло огрубленной структуры с гистоновыми хвостами с ацетилированиями, колокализованными с ацетиллированием хвоста гистона H2B, длина линкеров 31.
• All Ac - траектория Монте-Карло огрубленной структуры с гистоновыми хвостами с всеми исследуемыми ацетилированиями, длина линкеров 31.
• Aс_Met - траектория Монте-Карло огрубленной структуры с гистоновыми хвостами с метилированиями и ацетилированиями, длина линкеров 31.

Задача 4.1. Исследование ПТФ (трансактивационных доменов) и других известных ядерных белков человека

• Интерактивная визуализация оптимизированных PTF структур - структуры комплексов ПТФ (KLF4, SOX2б OCT4) с белками-партнёрами, оптимизированы методом RepairPDB (253 комплекса)