grant_2023_RNFmoluch

Интерактивные материалы к отчету за 2023-2024 годы по проекту

“Мультимасштабное моделирование нуклеосомной структуры хроматина как ключ к пониманию работы геномов эукариот.”

Задача 1.1. Построенные модели комплексов Sox2-нуклеосома для различных позиций

• НУКЛ-Sox2_pos19 - структура нуклеосомы в комплексе с Sox2 на позиции 19 (без сдвига нуклеосомной ДНК)
• НУКЛ-Sox2_pos20 - структура нуклеосомы в комплексе с Sox2 на позиции 20 (сдвиг нуклеосомной ДНК на 1 нуклеотид)
• НУКЛ-Sox2_pos39 - структура нуклеосомы в комплексе с Sox2 на позиции 39 (без сдвига нуклеосомной ДНК)
• НУКЛ-Sox2_pos40 - структура нуклеосомы в комплексе с Sox2 на позиции 40 (сдвиг нуклеосомной ДНК на 1 нуклеотид)
• НУКЛ-Sox2_pos50 - структура нуклеосомы в комплексе с Sox2 на позиции 50 (сдвиг нуклеосомной ДНК на 1 нуклеотид)

Задача 4.1. Анализ взаимодействий ПТФ с другими белками хроматина

• Oct4 interactors - белки-партнеры Oct4 по данным STRING, BioGRID и Gene Ontology
• Sox2 interactors - белки-партнеры Sox2 по данным STRING, BioGRID и Gene Ontology
• Klf4 interactors - белки-партнеры Klf4 по данным STRING, BioGRID и Gene Ontology
• PDB - предсказанные с помощью AlphaFold2 Multimer структуры комплексов пионерных транскрипционных факторов (Oct4, Sox2, Klf4) с белками-партнерами. Файлы PDB для комплексов с pTM > 0.5; 18, 24 и 6 комплексов для Oct4, Sox2 и Klf4 соответственно

В части молекулярного моделирования

Задача 5.1. Траектории молекулярной динамики нуклеосом в окружении разных моделей воды

• НУКЛ_CAIPi3P - траектория МД нуклеосомы в окружении воды модели CAIPi3P в силовом поле Amber ff14SB + ParmBSC1 коррекции +Li/Merz ионы
• НУКЛ_{CAIPi3P, CUFIX} - траектория МД нуклеосомы в окружении воды модели CAIPi3P в силовом поле Amber ff14SB + ParmBSC1 коррекции + CUFIX ионы
• НУКЛ_TIP4P-D - траектория МД нуклеосомы в окружении воды модели TIP4P-D в силовом поле Amber ff14SB + ParmBSC1 коррекции +Li/Merz ионы
• НУКЛ_{TIP4P-D, CUFIX} - траектория МД нуклеосомы в окружении воды модели TIP4P-D в силовом поле Amber ff14SB + ParmBSC1 коррекции + CUFIX ионы
• НУКЛ_TIP4P-2005 - траектория МД нуклеосомы в окружении воды модели TIP4P-2005 в силовом поле Amber ff14SB + ParmBSC1 коррекции +Li/Merz ионы
• НУКЛ_{TIP4P-2005, CUFIX} - траектория МД нуклеосомы в окружении воды модели TIP4P-2005 в силовом поле Amber ff14SB + ParmBSC1 коррекции + CUFIX ионы
• НУКЛ_OPC - траектория МД нуклеосомы в окружении воды модели OPC в силовом поле Amber ff14SB + ParmBSC1 коррекции + Li-Merz ионы
• НУКЛ_{TIP3P, CUFIX} - траектория МД нуклеосомы в окружении воды модели TIP3P в силовом поле Amber ff14SB + ParmBSC1 коррекции + CUFIX ионы

Задача 5.4. Траектории молекулярной динамики

• Тестовый расчет управляемой МД нуклеосомы с применением внешних потенциалов к сайту посадки ремоделеров (SHL 2)