spb_2024

Современные проблемы биологии (Осень 2024), 2 курс магистратуры

Contact information

• Instructor: Alexey K. Shaytan, PHD alex@intbio.org
• Folder with presentations

Meetings and Location

• Classroom: Bioeng Dept. (Leninskie Gory 1-73), rooms 542, 543
• Lectures: 12:45-14:20 on Wednesdays
• Online stream here

Course Description

Обсуждение различных аспектов современной биоинженерии, синтетической биологии, генетических и геномных технологий, включая их развитие в историческом аспекте.

Textbooks and learning resources

Course calendar

• Dates: 2/10/2024; 9/10/2024; 16/10/2024; 23/10/2024?; 30/10/2024?; 6/11/2024; 13/11/2024?; 20/11/2022; 27/12/2024; 4/12/2024; 11/12/2024;

Attendance policy

• 100% attendance is required

Проект

• необходимо подготовить реферат (от 1500 слов) и презентацию (на 10 мин + 5 мин обсуждение), целью которого является анализ какой-либо биотехнологической компании, ее продукта(ов)/технологии в контексте альтернатив/предложений конкурентов.
• должны быть освящены следующие темы: описание компании (размер, для стартапа - стадия, история), описание технологий/услуг, их преимущества/недостатки, описание компаний конкурентов и альтернативных технологий, анализ рынка (потребители, объем рынка, желательно посмотреть на бухгалтерскую отчетность для публичных компаний), ваше мнение о перспективах развития.
• в ходе подготовки рекомендуется пользоваться - сайтами компаний (одних сайтов не достаточно - там однобокая информация!), статьями в научных журналах, аналитическими обзорами и статьями в профильных изданиях (Forbes, Nature Biotechnology, MIT Tech Review, Bloomberg). Необходимы ссылки на использованные источники. Если это IT решение - запросите демо и попробуйте.
• Компанию для обзора нужно согласовать с преподавателем. Возможный список компаний: ссылка 1, иные: GinkoBioworks (фокус на проекты последних лет), bit.bio, latchbio, molecular assemblies, formbio, inscripta, bitbiome, ganymede bio, amsilk, либо по согласованию. Пересечений не должно быть.

Course program (in Russian)

Программа будет модернизироваться, планируется обсуждение следующих тем:

1. Инженерная/синтетическая биология.
2. Геномика
3. Редактирование геномов.
4. Эпигенетика
5. Эпигенетическая инженерия.
6. ИИ в биологии.

Программа прошлого года

Лекция 1-4. Инженерная биология. Обзор. Слайды лекции.
</details>

Лекция 5. Инженерная биология. Стартапы, обзор рынка. Слайды лекции. CRISPR-CAS
</details>

Лекция 6-8. Методы секвенирования нового поколения. Слайды лекции.
</details>

Лекция 9-10. Практикум по обработке NGS данных. Ссылка.
</details> ## Backlog - обсуждается по желанию. - Иммунотерапия рака - Оптогенетика - Онкогеномика - Ксенобиология - Хроматин - Системная биология - Методы редактирования геномов - CRISPRi/CRISPRa, CRISPR-логика, связь с регенеративной медициной - Машинное обучение в дизайне белков - Структурные и микроскопические методы исследований: криоЭМ, ретнген, ЯМР, интегративное моделирование, микроскопия сверхразрешения.