mm_2024

Семинар 1. Использование ЭВМ и доступ к ним, установка, настройка программ и сред

План семинара

• Обсуждение различных операционных систем. Работа в командной строке. Рабочие станции, сервера, кластеры.
• Bash и основные команды
• Запуск программ в командной строке
• Переменные среды, PATH
• Запуск Python-скриптов в командной строке.
• Управление модулями командой module
• Менеджер пакетов conda
• JupyterLab
• Git и GitHub.

Справочные материалы

• SSH
• Conda
• Git

Самостоятельная (домашняя) работа.

• Создайте окружение conda PLUMED c Python 3.7.
• С помощью него установите:
  1. Gromacs+PLUMED “conda install -c conda-forge -c intbio gromacs=2018.4_plumed_2.5.0”
  2. NGLView
  3. Pymol
• Сохранить окружение PLUMED в текстовый файл (см. conda cheat sheet)

Оцениваемый результат

• Отчет о проделанной работе со скриншотами, в который видено Ваше имя пользователя.

Запись семинара 2021

Презентация семианра